Чтобы разрешить root'у соединяться с сервером по FTP нужно закомментировать строку с его именем в файле /etc/ftpd/ftpusers:
# ident "@(#)ftpusers 1.5 04/02/20 SMI"
#
# List of users denied access to the FTP server, see ftpusers(4).
#
#root
daemon
bin
sys
adm
lp
uucp
nuucp
smmsp
listen
gdm
webservd
nobody
noaccess
nobody4
Кроме того, необходимо в файле /etc/ftpd/ftpaccess закомментировать строки с deny-uid и deny-gid.